Cuando la planeación estratégica está en marcha pero hay situaciones de comunicación y/o de toma de decisiones que no están funcionando, se realiza un proceso de transformación de conflictos institucionales.

Este consiste en la identificación de los nudos conflictivos que impiden una comunicación efectiva entre los miembros de la organización o un sistema de toma de decisiones transparente y legítima; y su transformación mediante la resolución pacífica de los conflictos.